La colección inicial del Museo de Cerámica de Manises la constituyeron los objetos de arte y cerámica que, junto con el edificio, fueron legados al Ayuntamiento de Manises por José Casanova Dalfó y Pilar Sanchis Causa. Se trataba de un conjunto de obras entre las cuales había piezas de cerámica, así como de cristal y metal, pinturas, etc.
Respecto al fondo de cerámica, había una buena muestra de piezas del siglo XIX y de finales del siglo XX. Sin embargo, eran escasas las obras de los siglos XV al XVIII y de principios del siglo XX. Con los años, el incipiente repertorio cerámico ha crecido y se ha especializado con un objetivo: formar una colección representativa de cada uno de los períodos por los que ha atravesado la producción de cerámica en Manises durante sus más de 700 años de actividad ininterrumpida.
Las principales vías de entrada de obras en el Museo han sido y continúan siendo las excavaciones efectuadas en el subsuelo de la ciudad así como las donaciones de vecinos y fabricantes de la localidad. Menos numerosas, pero no menos importantes, han sido las adquisiciones, a las cuales todos los años se destina una cantidad de dinero. Se trata de compras selectivas y razonadas que llenan los huecos existentes en los fondos del Museo y que completan poco a poco la colección. El Museo cuenta también con depósitos de instituciones o particulares que, sin perder la propiedad sobre las obras, han decidido entregarlas temporalmente al MCM para su custodia y exposición. Finalmente, desde 1972, los fondos aumentan regularmente por la celebración del Concurso Nacional de Cerámica de Manises, certamen que, el año 1993, se convirtió en Bienal Europea de Cerámica y, desde 2001, es un concurso de carácter internacional. Las obras premiadas en las diferentes ediciones pasan a ser propiedad del Ayuntamiento de Manises e ingresan en el Museo para su conservación.
El resultado es un patrimonio cerámico de más de 5.500 piezas producidas principalmente en Manises, con una cronología que comprende desde el siglo XIV hasta el XX, así como cerámica contemporánea de creación. Además, el Museo alberga, por su importancia e influencia en la cerámica local, muestras de producciones no exclusivamente maniseras: azulejería polícroma procedente de fábricas de la ciudad de Valencia, piezas confeccionadas en l’Alcora y, dentro del apartado de cerámica de arte, obras de los artistas Alfons Blat y Arcadi Blasco y los trabajos premiados en la Bienal Internacional de Cerámica de Manises.
